川菜的派系分为：
上河帮（蓉派,以成都和乐山菜为主）：其特点是小吃，亲民为主，比较清淡，传统菜品较多
下河帮（渝派;以重庆和达州菜为主）：其特点是家常菜、亲民、比较麻辣、多创新
小河帮（盐帮菜;以自贡和内江为主）：其特点是大气、怪异、高端（其原因是盐商）
在大川菜的派系中，川菜主要分为蓉派和渝派两大类。蓉派川菜讲求用料精细准确，严格以传统经典菜谱为准；渝派川菜以用料大胆，不拘泥于食材，手法更新为主。
一般认为蓉派川菜是传统川菜，渝派川菜是新式川菜。
以做回锅肉为例，蓉派做法中材料必为三线肉（五花肉上半部分）、青蒜苗、郫县豆瓣酱以及甜面酱，缺一不可；而渝派做法则不然，各种带皮猪肉均可使用，青蒜苗亦可用其它蔬菜代替，甜面酱用蔗糖代替。而具体烩制手法两派基本相似。所不同的在于蓉派沿袭传统，渝派推陈出新（虽然未必较传统做法更加美味）。
蓉派：蓉派川菜精致细腻，多为流传久远的传统川菜。
蓉派川菜讲求用料精细准确，严格以传统经典菜谱为准，其味温和，绵香悠长。通常颇具典故。
著名菜品：麻婆豆腐、回锅肉、宫保鸡丁、盐烧白、粉蒸肉、夫妻肺片、蚂蚁上树、灯影牛肉、蒜泥白肉、樟茶鸭子、白油豆腐、鱼香肉丝、泉水豆花、盐煎肉、干煸鳝片、东坡墨鱼、清蒸江团等。
渝派：渝派川菜大方粗犷，以花样翻新迅速、用料大胆、不拘泥于材料著称，俗称江湖菜。
渝派川菜大多起源于市民家庭厨房或路边小店，并逐渐在市民中流传。 渝派川菜近几年来在全国范围内大受欢迎，不少的川菜馆主要菜品均为渝派川菜。
其代表作有酸菜鱼、毛血旺、口水鸡、干菜炖烧系列（多以干豇豆为主）、水煮肉片和水煮鱼为代表的水煮系列、辣子鸡、辣子田螺和辣子肥肠为代表的辣子系列、泉水鸡、烧鸡公、芋儿鸡和啤酒鸭为代表的干烧系列、泡椒鸡杂、泡椒鱿鱼和泡椒兔为代表的泡椒系列、干锅排骨和香辣虾为代表干锅系列等。
风靡海内外的麻辣火锅（或称毛肚火锅、火锅）发源于重庆，因为其内涵已超出川菜的范围，通常被认为是一个独立的膳食体系而不被视作川菜的组成部分。