关于冒菜的起源说法有很多种。冒菜的最初起源于四川卤菜，四川的卤菜、凉拌菜味满天下，很多懒人为了方便，但是又想节约，于是就直接在市场上买加工成熟的熟食。因为卤菜要用卤水，但是店家又怕卤水中的油水浪费，于是乎就在里边加入一些香料和中药，放一些蔬菜进行烫，发现味道很好。就和凉菜一起销售，起到非常好的效果，于是便有了冒菜。
另外一种说法是冒菜的最初起源于汉末三国时期，在西汉时，由于井盐的大量开采和使用，川人“尚滋味，好辛香”的饮食习惯已经初步形成。西汉人左思在《蜀都赋》中就有“调夫五味”，甘甜之和，......五肉七菜,朦厌腥臊，可以练神养血者,莫不毕际”的记载，调夫五味讲的就是中药调味方式。
在东汉末年由于连年征战军队中出现了各种疾病，士兵没有食欲；军医为防止疾病在军队中蔓延且起到很好的效果命伙夫就经常在饭菜中加入一些中药即能防病、治病、又能产生香味，达到调味的目的；因这此用药大部分都有调味用后城做卤料。后来经过伙夫的改良将各种蔬菜进行烫，发现味道比之前味道更好、更受到军中将士喜爱。便将此法在军中广为传播， 因军队中量比较大，多以香料熬汤烫食之古名曰“冒菜”。后来伙夫年迈离开军队，便将此法带入民间以经营“冒菜馆”为生，生意异常火爆。由此冒菜进入空前的繁荣昌盛时期。
总之，不管各种说法冒菜的起源都和四川这个美食聚集地息息相关的，冒菜起源于四川是肯定的。冒菜经过多种改良有当初的一种卤味型冒菜转变为更多、更适合各地人群喜爱的口味如：火锅型冒菜、清汤冒菜、微辣冒菜、特辣冒菜以及传统的卤味冒菜。